Princip MBBR procesa je povećanje biomase i vrsta u reaktoru dodavanjem određenog broja nosača suspenzije u reaktor, kako bi se poboljšala efikasnost tretmana reaktora. Budući da je gustina punila bliska onoj u vodi, tokom aeracije se potpuno miješa sa vodom, a okruženje za rast mikroba je plin, tekući i čvrsti. Efekat sudara i smicanja nosača u vodi čini mjehuriće zraka finijim i povećava stopu iskorištenja kisika. Osim toga, svaki nosač ima različite biološke vrste iznutra i izvana, iznutra rastu neke anaerobne bakterije ili fakultativne bakterije, a izvana su dobre trofičke bakterije, tako da je svaki nosač minijaturni reaktor, tako da reakcija nitrifikacije i reakcija denitrifikacije postoje istovremeno vremena, kako bi se poboljšao učinak tretmana. MBBR proces ima prednosti i tradicionalnog fluidiziranog sloja i metode biološke kontaktne oksidacije, te je nova i efikasna metoda tretmana otpadnih voda, koja se oslanja na aeraciju i protok vode u rezervoaru za aeraciju kako bi nosač bio u fluidiziranom stanju, a zatim formira suspendirani aktivni mulj i pričvršćeni biofilm, što čini da biofilm u pokretnom sloju koristi cijeli prostor reaktora, daje punu igru prednostima spojene faze i suspendiranu fazu organizma, te ga natjerati da razvija svoje prednosti i izbjegava slabosti, te da se međusobno nadopunjuju. Za razliku od konvencionalnih punila, suspendirana punila se nazivaju "mobilni biofilmovi" jer su u čestom i stalnom kontaktu s kanalizacijom.